革命曆228年E.U.聯盟聯軍少校蕾拉·瑪露卡爾（阪本真綾 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期間化險為夷將企圖綁架吉恩·史麥拉斯將軍（石塚運升 配音）的11區日本少年成瀨幸也（鬆岡禎丞 配音）、佐山流（日野聰 配音）和香阪彩乃（日笠陽子 配音）招募到W Zero部隊在另一邊的帝國內信·修加·夏音度（鬆風雅也 配音）成功篡位被封為聖米迦勒騎士團的團長即將迎來和阿基德的宿命重逢E.U.聯盟對成瀨等人充滿不信任感時刻密切監視著他們不久聯盟決意將W Zero部隊空投至帝國的腹地華沙執行死亡任務蕾拉堅持和阿基德以及新加入的三個戰士同往等待他們的是聖米迦勒騎士團的強敵……